Majątek Skarbu Państwa, w stosunku do którego uprawnienia właścicielskie wykonuje i  którym dysponuje Krajowe Centrum ds. AIDS, obejmuje dobra ruchome, nieruchome oraz wartości niematerialne i prawne a także spółdzielcze własnościowe prawo do lokalu, który jest siedzibą Centrum.
W skład majątku wchodzą następujące składniki:
1. środki trwałe, w tym: część budynek biurowego, sprzęt komputerowy, samochody;
2. wartości niematerialne i prawne;
3. środki obrotowe na rachunkach bankowych Krajowego Centrum oraz w kasie;